核心概念：平行世界（多重宇宙）
理解寶可夢時間線的關鍵，在於承認平行世界的存在。官方在《歐米加紅寶石／阿爾法藍寶石》的「Delta章節」中，藉由角色之口明確證實了這一點：存在著「沒有發生過3000年前的戰爭，也沒有Mega進化的世界」，這正是指早期的遊戲版本。
因此，我們至少可以將遊戲主系列劃分為兩條主要的世界線。
世界線 A：無 Mega 進化的經典宇宙
這是指從 Game Boy 到 NDS 時代的原始遊戲體驗，一個較為樸素、沒有 Mega 進化的世界。
- 時間點一： 《火紅／葉綠》（關都地區）與《紅寶石／藍寶石／綠寶石》（豐緣地區）的故事大致同時發生。
- 時間點二（三年後）： 《心金／魂銀》（城都地區）與《鑽石／珍珠／白金》（神奧地區）的故事大致同時發生。玩家可以在《心金／魂銀》的白銀山挑戰三年前的主角赤紅，這是最明確的時間連結。
- 時間點三（數年後）： 《黑／白》（合眾地區）的故事發生。神奧冠軍竹蘭的登場，也暗示了其時間點晚於神奧的冒險。
- 時間點四（再兩年後）： 《黑２／白２》的故事發生。
世界線 B：存在 Mega 進化的全新宇宙
這是從 3DS 時代開啟的、存在 Mega 進化的世界線。此處的遊戲不僅是重製，而是發生在平行時空中的「新故事」。
- 遠古（3000年前）：卡洛斯地區爆發戰爭，最終兵器被發射，產生了 Mega 進化的能量。
- 時間點一： 《X／Y》（卡洛斯地區）與《歐米加紅寶石／阿爾法藍寶石》（豐緣地區）的故事大致同時發生。後者因為存在 Mega 進化，而被歸類於此世界線。
- 時間點二（約兩年後）： 《太陽／月亮／究極之日／究極之月》（阿羅拉地區）的故事發生。國際警察「帥哥」和角色莉拉的對話中，暗示了他們是從沒有 Mega 進化的世界（世界線A）透過究極之洞來到此處的，這是平行宇宙的鐵證。
獨立或關聯性模糊的篇章
《Let's Go! 皮卡丘／伊布》
這系列可視為關都地區冒險的又一個「平行時空」。它簡化了系統，劇情也與初代略有不同，是一個獨立、溫和的重述版本。
Switch 時代：《劍／盾》與《朱／紫》
伽勒爾地區與帕底亞地區的冒險，在時間軸上處於「現代」。它們與上述兩個主要世界線的確切關聯目前尚不明確，可以暫時理解為發生在 Mega 進化世界線的後續時間點，但官方並未提供確切連結。
遙遠的過去：《傳說 阿爾宙斯》
本作明確發生在神奧地區遙遠的過去，當時它還被稱為「洗翠地區」。故事講述了人類與寶可夢關係的早期樣貌，以及第一個寶可夢圖鑑的誕生。它是所有時間線的「共同的古代史」。
獨立的動畫時間線
動畫擁有完全獨立的時間線，主角永遠是小智和皮卡丘。這條時間線非常單純，就是按照動畫播出的順序：
- 關都地區 → 橘子群島 → 城都地區
- 豐緣地區 → 對戰開拓區
- 神奧地區
- 合眾地區
- 卡洛斯地區
- 阿羅拉地區
- 世界錦標賽（旅途系列）
在動畫世界中，時間幾乎是停滯的，小智的年齡也成為了粉絲間著名的謎團。
總結
寶可夢的時間線並非一條直線，而是一個充滿無限可能性的多元宇宙。這種設定不僅解決了「重製版」在劇情上的定位，也讓世界觀更加宏大。玩家可以簡單地享受每個世代的獨立故事，也可以深入研究不同世界線之間的 subtle connections，從中獲得挖掘彩蛋的樂趣。